Поки залишки армії Зиона борються з безжалісними машинами, агент Сміт виходить з-під контролю своїх колишніх господарів і завойовує світ Матриці. Нео вирушає в місто машин, зустрічається з "комп'ютерним богом" і укладає з ним угоду. Долі людей і їх механічних противників залежать від результату двобою Нео зі Смітом.