Маленька принцеса Наусіка живе у далекому майбутньому, в якому Землю вразила страшна екологічна катастрофа. Квітучі у минулому цивілізації перетворилися на попіл, а поверхню планети вкрило гігантське Море Гнилі, що випускає в атмосферу отруйні спори своїх рослин. Мешканці маленької оази - Долини Вітрів - протягом усього свого життя мають протистояти химерним комахоподібним володарям Моря Гнилі, щоб не припустити поширення шкідливої рослинності... 
Принцеса Наусіка від дитинства живе у Долині Вітрів - одному з небагатьох царств, де досі збереглося добро. Вона володіє незвичайним даром - вміє знаходити спільну мову із тваринами, деревами, а головне, з жахливими гігантськими комахами, що населяють Море Гнилі. Безтурботне існування оази порушується, коли маленька країна стає пішаком у грі великих войовничих сусідів, що стинаються у боротьбі за залишки дорогоцінних природних ресурсів планети. 
І лише принцеса Наусіка матиме змогу врятувати світ, повернувши людям любов до життя.